Lila算法：美国Amyris公开自动化菌种设计平台技术！

署名为Amyris公司，由过去和现任部分股东进行的一项研究进展，新年发表在预印版网站。文章发表了该公司的菌种设计平台技术Lila算法，并对一些实际的应用进行了公开。

从文章的产品分子列表看，该技术几乎把目前行业所见所有化合物在两种常用底盘大肠杆菌和酿酒酵母都进行了通路设计和筛选，部分产品在96孔板和2L罐可达到至少10g/L的产量。不难判断，Amyris的产品库积累是何等的深厚。

工程微生物合成具有社会价值的分子历来是一个耗时且手工的过程，每个新的非天然分子的合成通常都需要单独构建。

由于大多数微生物菌株工程工作都利用了有限数量的常见代谢工程设计策略，因此我们认为，自动化这些设计步骤将有助于创建一条管道，可以快速，廉价，可靠地生成所谓的微生物工厂。

在这项工作中，我们描述了一个计算系统的设计和实现，我们称之为Lila的自动化科学家，它通过设计-构建-测试-学习（DBTL）范式处理所有代谢工程设计和优化。Lila生成代谢途径，识别扰动的相关遗传元素，并在几秒钟到几分钟内指定微生物菌株的设计和重新设计。然后构建Lila指定的菌株，然后作为高度自动化的内部管道的一部分进行表型分析。人类仍然在循环中策划系统做出的选择，例如帮助完善代谢模型或建议定制的蛋白质修饰。Lila试图建立可以产生454种生化上不同的分子的菌株，其前体广泛分布在两种微生物宿主酿酒酵母和大肠杆菌的代谢中。值得注意的是，我们观察到柚皮素分子的最高公布滴度，柚皮素是类黄酮的代谢前体。我们总共创造了数十万种能够过度产生242个分子的微生物菌株，其中180个不是酿酒酵母或大肠杆菌的天然菌株。

文章来源：哔bang