关于举办“LAMMPS分子动力学技术与应用与第一性原理计算方法及应用”线上+线下实战培训的通知
2020年4月14日 18:17
关于举办“LAMMPS分子动力学技术与应用”线上+线下实战培训的通知
各有关单位:
分子动力学模拟是一种研究分子体系结构与性质的重要方法，已被广泛用于化学化工、生物医药、材料科学与工程、物理等学科领域。传统实验需要大量的人力物力而且耗时，而计算机模拟的方法省时省力，可以用来求解解析理论无法求解的问题，模拟实验做起来困难或不可能做的条件，得到更贴近实际体系的结果。LAMMPS分子动力学程序是一款开源而免费的软件，可以模拟成千上万甚至几百万个原子、分子，常用于模拟液体中的粒子，固体和汽体的系综，也可以采用不同的力场和边界条件来模拟全原子，聚合物，生物，金属，粒状和粗料化体系。
为全力做好教育系统新型冠状病毒感染的肺炎疫情防控工作，确保广大师生的身体健康和生命安全，根据中央有关精神以及教育部《关于2020年春季学期延期开学的通知》，各级教育主管部门也纷纷提出将通过开展网络教学，确保“停课不停教、不停学”。应新老客户的培训需求，北京软研国际信息技术研究院特举办““LAMMPS分子动力学技术与应用”线上+线下实战培训，本次培训由互动派（北京）教育科技有限公司具体承办，通过本次培训，能够了解LAMMPS是什么？能干什么？怎么用？以及如何从简单的例子开始学起，做出能够发表的结果，具体事宜通知如下：
一、时间地点：
2020年5月23日——5月24日 在线直播（授课2天）
2020年6月4日——6月7日 线下培训（第一天报到、授课3天）
二、报名费用：
每人￥3300元（含报名费、培训费、资料费、证书费）
5月9号之前报名汇款可享受优惠 400元（名额有限）；费用提供用于报销的fapiao及盖有公章的纸质通知文件；如需开具会议费的单位请联系招生老师要会议邀请函；
三、培训特色：
1、本次课程共计5天，采用“3+2”教学体系，2天在线教学及3天线下实训；小班授课，对知识进行由浅入深，层层递进，系统讲解，配合案例解析边讲边练，让学员能运用模拟软件针对每个技术点进行上机操作；在线学习后对学员提炼出的问题提供专业指导，从而更好地满足学员不同方面的论文及实际科研需求；
2、课堂上建立专属班级交流平台，学员学完后可以继续在班级群与老师同学交流问题，巩固学习内容。
北京软研国际信息技术研究院 互动派（北京）教育科技有限公司
二零二零年四月十三日 二零二零年四月十三日
四、培训课表：
“LAMMPS分子动力学模拟技术与应用”专题线上+线下实战培训
课 程 |
内 容 |
一、LAMMPS基础 |
1 分子动力学模拟入门理论——掌握lammps的in文件中各命令的意义 1.1系综理论 1.2主要算法介绍 1.3积分步长的选取 1.4温度和压力控制 1.5周期性边界条件 1.6分子动力学模拟流程 |
二、LAMMPS入门学习 |
2 LAMMPS入门操作基础 2.1 Linux命令入门基础——熟练掌握LAMMPS所用的Linux命令 2.2 LAMMPS中一些安装包的介绍——为以后创建自己体系进行选择性安装 2.3 LAMMPS的linux版串行和并行及GPU版编译安装——掌握LAMMPS的编译方法，针对自己体系编译可执行文件。 2.4 LAMMPS的in文件结构格式、基本语法及常用命令讲解、data文件格式。 2.5 LAMMPS实例讲解。 : 实例操作：在系统编译安装自己的可执行程序。 |
三、LAMMPS进阶学习 |
3. LAMMPS各种参数计算 3.1 颗粒模拟 3.2 可视化快照 3.3 弹性常数模拟 3.4 计算热导率 3.5 计算粘度 3.6 计算均方位移 3.7 计算径向分布函数 3.8 计算扩散系数 3.9 计算能量数据 3.10 Lammps常见错误及解决途径 : 实例操作：学员结合自己的科研方向，选择运行契合自己研究方向的例子 |
四、Lammps的建模 |
4 LAMMPS建模——掌握基本操作流程 4.1 掌握lattice命令建立晶体模型 4.2 Packmol建模语法学习及实操 4.3 Material Studio建模学习及实操 4.4 VMD建模学习及实操 : 实例操作：把上述实操模型转换成的文件 |
五、从examples的简单例子，到完成自己的科研课题 |
5 通过examples中的例子，理解要模拟对象的物理意义 5.1 运行examples\flow 到建立水分子在石墨烯片层(碳纳米管)内的流动模拟 5.2 运行examples\shear 到石墨烯力学性质模拟 5.3 运行examples\friction 到金属/合金的摩擦模拟 5.4 特殊结构的模拟建模（C60系列模型） : 实例操作：学员探索由简单例子到自己科研课题的模拟过程 |
六、环氧树脂在二氧化硅表面吸附建模(CVFF力场) |
模拟过程 6.1 创建构型文件 6.2 建立输入脚本 6.3 运行能量最小化及体系的预松弛 6.4 压缩盒子达到指定的密度（针对不同研究体系掌握压缩方法的不同，并掌握判断方法和依据） 6.5模拟步骤：包括能量最小化-NVT平衡-npT平衡-对研究目标的性质进行长时间轨迹平衡-输出研究所关心的性质。 6.6. 查看动态轨迹和特殊帧的图片显示(采用VMD软件做出漂亮的图片和视频，学会用tcl脚本控制输出) 6.7 数据分析（origin软件的使用） 6.7.1 MSD分析 6.7.2 计算RDF 6.7.3 计算密度分布 |
七、LAMMPS高级研修，自建分子力场参数文件和金属有机框架材料晶体模型 |
7 LAMMPS分子力场文件创建及MOFs材料建模 7.1 介绍固体材料单晶包试验数据结构，掌握基本的材料几何特征 7.2 利用MS软件构建MOFs材料单晶包模型和H2和CO2分子模型 7.3 分子作用势能函数，编写MS软件中的力场参数文件（off文件） 7.4 巨正则系综Monte Carlo方法 7.5 利用Sorption模块将H2和CO2分子插入到MOFs材料 7.6 编写LAMMPS力场文件（frc文件），并通过lammps程序生成data文件 7.7 运行能量最小化及体系的预松弛 7.8 模拟步骤：包括能量最小化NVT平衡，对研究目标的性质进行长时间轨迹平衡-输出研究所关心的性质。 : 实例操作：金属有机框架储氢和碳捕集模拟 |
八、分子筛纳米膜分离H2/CO2混合气体模拟 （模拟文献Science 346 (6215), 1356-1359） |
模拟文献Science 346 (6215), 1356-1359的分离过程
8.1 利用MS软件构建ZIF-7膜材料单晶包 8.2 设计H2/CO2与ZIF-7体系模型，模拟文献“Science 346 (6215), 1356-1359”的实验过程 8.3 自定义分子力场文件（frc文件），并通过lammps程序生成data文件 8.4 运行能量最小化及体系的预松弛 8.5 模拟步骤：包括能量最小化-NVT平衡，对研究目标的性质进行长时间轨迹平衡-输出研究所关心的性质 8.6 采用VMD查看动态轨迹 8.7 数据分析，计算RDF，MSD，密度分布，选择性等 : 实例操作：包括在中查看可视化的动态轨迹，计算密度分布，分子的等，抽取轨迹的动能、势能、总能量等相关数据，对轨迹进行初步分析 |
九、辅助课程 |
1.其他相关软件的功能介绍，如 GROMACS、VASP、NAMD、MS 等 2.建立微信群 QQ 群，建立长期技术问题答疑平台 |
六、颁发证书：
参加相关培训并通过考试的学员，可以获得： 北京软研国际信息技术研究院培训中心颁发的《LAMMPS 分子动力学模拟技术与应用》专业技能结业证书。
七、联系方式：
咨询电话：18618288284 联 系 人: 唐老师
报名邮箱：13167390675@163.com 报名QQ: 2720927402 微信：17800209174
【注】开课前一周会务组统一通知；开课前一天会将直播链接及上机账号发至您邮箱或微信。如未收到请及时电话咨询！
关于举办“第一性原理计算方法及应用”线上+线下实战培训的通知
各有关单位：
材料基因工程是近年来国际材料领域兴起的颠覆性前沿技术，随着国内计算机技术的快速发展，多尺度材料模拟计算成为材料研究中不可或缺的一部分。计算材料学主要致力于建立可预测或可描述的模型，以帮助研究材料的内在机理并减少新材料开发的时间和成本。VASP是目前材料微观反应机理和计算材料电子结构性质科学研究中最流行的一款软件，它可以处理金属及其氧化物、半导体、晶体、掺杂体系、纳米材料、分子、团簇、表面体系和界面体系等。
为全力做好教育系统新型冠状病毒感染的肺炎疫情防控工作，确保广大师生的身体健康和生命安全，根据中央有关精神以及教育部《关于2020年春季学期延期开学的通知》，各级教育主管部门也纷纷提出将通过开展网络教学，确保“停课不停教、不停学”。应广大技术工作者要求，北京软研国际信息技术研究院特举办“第一性原理计算方法及应用”线上+线下实战培训班，本次培训由互动派（北京）教育科技有限公司具体承办，具体相关事宜通知如下：
一、培训目标：
1、本次课程共计5天，采用“3+2”教学体系，2天在线教学及3天线下实训；内容从基础到实战共分为四个模块：一是VASP基本原理及计算准备；二是参数相关设置技巧及参数收敛性测试；三是材料计算实战应用专题；四是关于催化反应计算实战应用专题。分别为模拟入门、进阶提升的学员所准备；
2、小班授课，对知识进行由浅入深，层层递进，系统讲解，配合案例解析边讲边练，让学员能运用模拟软件针对每个技术点进行上机操作；在线学习后对学员提炼出的问题提供专业指导，从而更好地满足学员不同方面的论文及实际科研需求；
二、时间地点：
2020年5月30日-31日 在线直播（授课2天）
2020年6月11日-14日 线下培训（第一天报道、授课3天）
三、报名费用：
每人￥3300元（含报名费、培训费、资料费、证书费）5月9日之前汇款优惠400（名额有限），费用提供用于报销的fapiao及盖有公章的纸质通知文件；如需开具会议费的单位请联系招生老师要会议邀请函；
北京软研国际信息技术研究院 互动派（北京）教育科技有限公司
二零二零年四月十三日 二零二零年四月十三日
四、联系方式：
咨询电话：18618288284 联 系 人: 唐老师
报名邮箱：13167390675@163.com 报名QQ: 2720927402 微信：17800209174
【注】开课前一周会务组统一通知；开课前一天会将直播链接及上机账号发至您邮箱或微信。如未收到请及时电话咨询！
“第一性原理计算方法及应用”线上+线下实战培训班课程内容
一、VASP基本原理及计算准备（基础篇） |
课程1 VASP原理及Linux入门基本介绍 1.1密度泛函理论和VASP基本原理简介 1.2 Xshell远程登陆服务器的操作技术 1.3 Linux下常用命令(包含bash编程基础) 1.4 Linux下常用编译器安装方法 课程2 Linux常用命令与VASP输入出输出文件介绍 2.1 Linux常用命令(文本查找，批量提交任务，grep/sed/awk等) 2.2 VASP输入输出文件介绍(INCAR，KPOINTS，POSCAR，POTCAR，OUTCAR等) 2.3与VASP相关搭配常用辅助软件介绍 课程3 VASP编译安装及结构建模介绍 3.1VASP编译安装（vaspkit安装，qvasp安装及其它常用工具） 3.2 利用Materials Studio软件或者数据库建立乙醇分子模型和Si模型 3.3纳米管搭建技巧，界面模型搭建技巧：晶格匹配 3.4 通用手绘计算模型技巧（专题）
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二、VASP相关参数置技巧及参数收敛性测试（升阶篇） |
课程4 VASP输入参数设置技巧 4.1 INCAR参数的设置（ENCUT, ISIF, EDIFF, EDIFFG, HSE06, LDA+U，VDW等） 4.2 K点的设置方案 (Mesh, Line-Mode以及Rec直接标注权重) 4.3赝势的选择及快速生成方法 课程5 VASP结构优化 5.1 晶体结构的优化设置：通过实例Pt晶体优化来了解VASP的参数设置 5.2 设置参数的最简易方法，以及归类、总结和技巧 5.3 自洽、非自洽、电荷密度文件、波函数文件、总能的相关解释及用途。 课程6 VASP收敛性测试 6.1测试脚本的编写及介绍 （测试的目的，意义）6.2 截断能收敛性测试 6.3 K点收敛性测试6.4 其他收敛性测试（表面层数，sigma等）
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三、稳定性、电子结构、光学性质、缺陷性质（实战篇：材料计算专题） |
7.1 材料的稳定性计算 7.1.1 热力学稳定性 7.1.1.1 相稳定性 7.1.1.2 最优分解路径 7.1.2 动力学稳定性 7.1.2.1 0K声子谱 7.1.2.2 有限温度声子谱 7.2 材料的电子结构计算 7.2.1 能带基础知识介绍 7.2.2 CsPbI3能带计算(PBE和HSE)与分析 7.2.3 CsPbI3态密度计算与分析 7.2.4 电子有效质量计算 7.2.5 电荷密度与部分电荷密度 7.3 VASP光学性质计算 7.3.1 CsPbI3的介电常数实部和虚部 7.3.2 CsPbI3的光吸收系数 7.3.3 CsPbI3的联合态密度和跃迁矩阵元 7.3.4 CsPbI3的跃迁允许和跃迁禁阻分析 7.4 VASP本征缺陷计算 7.4.1 CsPbI3的相图 7.4.2 缺陷的转变能级 7.4.3 缺陷的形成能 7.5 特殊体系的设置方案 7.4.1 HSE06杂化泛函的设置方法 7.4.2 强关联体系的设置方法（LDA+U） 7.4.3 GW0参数的设置 7.6 实例解析：Cs2AgInCl6和Cs2InBiCl6的热稳定性和光吸收性质分析
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四、吸附、过渡态以及电荷分析（实战篇：催化反应专题） |
课程8 VASP表面催化反应计算及结果分析 8.1 固体表面具有催化活性的本质原因解析 8.2 基元反应和复杂反应在固体表面催化反应研究中的关系 8.3 VASP表面吸附 CO吸附在Pt表面计算（吸附能模型和吸附能） 8.4 VASP电荷分析 8.4.1 电荷拆分 8.4.2 Bader电荷计算与结果处理 8.4.3 ELF计算与结果处理 8.5 VASP过渡态搜索 8.51 插点和过渡态搜索 8.52 频率分析及零点能矫正方案 8.53 消虚频的方法 8.6 实例解析：Pd(111)表面用H2催化消除NO的第一性原理研究
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