Discovery Studio 药物发现与生物大分子计算模拟平台

  Discovery Studio™ (简称DS), 是基于Windows/Linux系统和个人电脑、面向生命科学领域的新一代分子建模和模拟平台。它服务于生命科学领域的实验生物学家、药物化学家、结构生物学家、计算生物学家和计算化学家。为科学家提供易用的生物大分子模拟和药物设计工具。通过高质量的图形、多年验证的技术以及集成的环境，Discovery Studio（DS）将实验数据的保存、管理与专业水准的建模、模拟工具集成在一起，为研究队伍的合作与信息共享提供平台。

Discovery Studio的主要模拟功能：

·  生物大分子：蛋白/核酸的序列分析、蛋白进化分析、蛋白质三维结构的预测与模拟、蛋白质结构表面电荷分析及pKa值预测、膜蛋白的结构预测与模拟、抗体的设计与分析、蛋白理性设计、丙氨酸扫描（computational alanine scanning）、核酸的设计与模拟、蛋白聚集效应预测、蛋白（核酸）-蛋白（核酸）相互作用、X-ray晶体结构解析等

·  计算化学：分子力学计算和分子动力学模拟、量子力学/分子力学（QM/MM）计算等

·  基于靶标结构药物设计：配体-靶标相互作用（分子对接）、全新药物设计、me too， me better药物设计、分子对接、基于结构的虚拟筛选、基于片段的药物设计等

·  基于配体药物设计部分：完全基于配体的药效团设计、基于配体-受体复合物的药效团设计、化合物数据库的构建和筛选、药效团数据库的构建与保存、定量构效关系（QSAR/QSPR）、基于MMP的SAR分析等

·  有机小分子：虚拟组合化学库的设计与分析、类药性筛选、化合物构象搜索和分析、化合物ADMET性质预测等

·  DS的应用领域：以小分子化合物、生物大分子的设计与模拟为核心，应用领域涵盖药物、化学、生物三大学科，研究领域包括：疾病的发病机理研究、新药发现和设计、生物信息学、结构生物学、酶学、免疫学、病毒学、蛋白质工程、肿瘤研究等。

·  DS的易用性：DS界面友好、可定制且呈多视窗交互式，一键式鼠标操作、操作简便，易于使用，且支持“服务器（Server）-客户端（Client）”模式，使得科研人员能够最方便且最大限度地实现计算资源共享。

·  DS的可扩展性：基于领先的科学信息处理平台Pipeline PilotTM（PP）建立起来的Discovery Studio软件让数据的共享和交流变得更为方便和简洁。DS中的部分功能流程(protocols)可以在Pipeline Pilot中进行编辑和组合，编辑组合而得的新流程可以导入 Discovery Studio中使用，也可以通过web形式共享研究成果，这样使得科研流程的方便共享成为可能。同时，PP这个开放平台技术还为使用者整合自己的或第三方的软件工具提供了接口。研究者也可以直接使用Perl脚本语言来调用Discovery Studio的相关功能。

·  DS的安全性：DS可以基于网页形式在后台对不同用户进行管理。