计算化学:如何在云平台上计算声子谱

内容摘自北鲲云五月份直播内容【声子谱的计算、后处理与分析实例】 另有文章【不同压强下ZnO的声子谱计算及其收敛性测试】可在发布的内容中查阅。

所有计算皆在北鲲云超算平台上完成。

计算声子谱所需软件：

1 VASP(Vienna Ab-initio Simulation Package) 

结构计算与声子谱基本计算 

2 phonopy 声子谱的计算与后处理 

3 vaspkit 各种后处理 

4 Origin，python，matlab 等画图软件

选取标准原胞计算

意义：不容易出错且节省计算时间吗，结果比较漂亮

方法：

1 vaspkit-6-602

2 phonopy   --symmetry 

 

高精度结构优化
 

扩胞

原因：VASP直接计算的是Gamma点的声子情况。 

如何扩胞：Phonopy –d –dim=“x x x” –c POSCAR-unitc 

扩多大：网传10A原则

 

有限差分法/有限位移法/密度泛函微扰理论  

 

后处理：绘制声子谱图

提取力常数： 

命令：phonopy --fc vasprun.xml 

调整控制文件 

name.conf M_NAME = l Cr DIM = 2  2  1 BAND = 0.500 0.000 -0.333 0.000 0.000 0.000 0.000 0.667 0.000  FORCE_CONSTANTS = READ BAND_POINTS = 51 #BAND_LABELS = X $\Gamma$ L #DOS = .TRUE.  #PDOS = 1 2, 3 4 5 6 or Auto 

计算数据： phonopy --dim="2 2 1" -c POSCAR-unit -p name.conf 

导出数据 ：phonopy-bandplot --gnuplot >1.dat 

或者直接出图： phonopy --dim=“2 2 1” -c POSCAR-unit -p name.conf -s 

 

后处理：虚频及软膜处理方法

利用phonopy产生不同k点的振动情况动画。 

 

 

在北鲲云超算平台上开启VASP

可选择的作业提交方式：模板提交/命令行提交

模板提交的方式非常简单：打开软件—选择可视化模板提交—点击输入文件列表上传文件，必须至少包含INCAR—选择硬件配置（节点数量和内存配比）—查看作业内容汇总

命令行提交:

需要通过SSH链接创建并连接管理节点

具体的命令行可以在帮助手册中查询，这里平台使用的是Slurm作业管理系统及Linux传输。