生成GROMACS拓扑文件的各种工具

AMBER GAFF

AmberTools+ACPYPE

推荐的标准做法

MKTOP

简单脚本, 需要提供电荷

CHARMM

[url=]SwissParam[/url]

CGenFF

用于CHARMM的通用力场, 待考

GROMOS

PRODRG

自动生成拓扑的网络服务器, 经典工具, 输出文件需要检查

ATB

自动生成拓扑的网络服务器, 可能更好, 输出文件仍需检查

OPLS-AA

TPPMKTOP

目前最好

MKTOP

简单脚本, 需要提供电荷

Topolbuild

将Tripos.mol2文件转换为拓扑

TopolGen

将全原子的pdb文件转换为拓扑

UFF

OBGMX

近似UFF力场, 可作参考

生物分子力场

pdb2gmx

GROMACS通用工具, 只用于蛋白质, DNA, RNA的生物分子

所有力场

x2top

GROMACS通用工具, 一般用于周期性体系, 聚合物等, 只给出初步拓扑文件